21 marca 2009r. Ks. Kardynał Stanisław Dziwisz powierzył organizowanie nowej parafii i budowę nowego kościoła w naszej Archidiecezji ks. Franciszkowi Gruszce. Lokalizacja przyszłej parafii jest tuż obok biblioteki UPJPII, na osiedlu Ruczaj. Przez pierwszy rok ksiądz pomagał w dwóch sąsiednich parafiach, z których miała powstać nowa wspólnota. W tym czasie trwały starania, by uzyskać pozwolenie na wybudowanie tymczasowej kaplicy. Miała ona stanąć na działce wówczas Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, obok biblioteki obecnego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II. Konstrukcję kaplicy przewieziono od księży pallotynów z Nowej Huty, gdzie wcześniej również rozpoczęto budowę kościoła. W sierpniu 2010r. uzyskano zgodę na budowę kaplicy.
Powstała kaplica ma wymiary: 24m długości, 10m szerokości i pomieści w ławkach do 200 wiernych. Poświęcenia jej dokonał Ks. Kard. Stanisław Dziwisz 9 marca 2011r., w Środę Popielcową. Ponieważ w tym roku, 1 maja odbyła się beatyfikacja papieża Jana Pawła II, postanowiono, aby patronował on kaplicy i przyszłej Parafii. Poświęcone zostało tabernakulum, które podarowało Seminarium Duchowne. W Wielkim Poście 2010r. odbyły się zatem pierwsze msze św., nabożeństwa drogi krzyżowej, gorzkich żali oraz rekolekcje. Pierwszym dzieckiem ochrzczonym w kaplicy był Klemens.
W tym czasie ksiądz proboszcz wyjeżdżał wielokrotnie do parafii naszej Archidiecezji, aby organizować zbiórki na budowę nowego kościoła, a także na wyposażenie tymczasowej kaplicy. Ludzie przychodzili najpierw z ciekawości, a potem z potrzeby serca, ale zawsze na Mszy Św. byli wierni. Zainteresowanie tworzeniem wspólnoty rosło. Przychodzili chętni do pomocy przy kaplicy, do sprzątania, dekorowania ołtarza, a także do fundowania niezbędnych przedmiotów, potrzebnych w miejscu świętym. I tak jest do dziś. Na początku powstały nawet dwie Róże Różańcowe: św. Jana Pawła II oraz św. O. Pio.
1 lipca 2011r. Ks. Kard. Stanisław Dziwisz ustanowił dekretem Rektorat pw. Bł. Jana Pawła II z osobowością prawną zrównany w prawach i obowiązkach z parafią. W październiku 2011r. podczas pierwszego odpustu uroczyście zostały wprowadzone relikwie krwi św. Jana Pawła II, które przekazał nam również Ks. Kardynał.
13 maja 2016r. została erygowana Parafia p.w. Św. Jana Pawła II papieża w Krakowie.
10 lipca 2018r. Parafia otrzymuje zgodę na budowę kościoła i plebanii. Od tego czasu trwają prace budowlane i widać jak wznosi się okazały kościół, a za nim plebania wraz z pomieszczeniami do spotkań duszpasterskich.
Równocześnie, wraz z budową zawiązała się już od 12 lat mocna wspólnota parafialna. Obecnie jej proboszczem jest od 2020r. ks. Tomasz Pilarczyk. W Parafii pracuje jeden wikariusz. Od samego początku wierni tworzą tutaj zgraną wspólnotę, która troszczy się o kaplicę, o teren wokół niej, angażuje się w grupy przyparafialne i różne akcje duszpasterskie. Na tych Parafian zawsze można liczyć. W Parafii działa prężnie Liturgiczna Służba Ołtarza – 25 ministrantów i lektorów, dwóch szafarzy nadzwyczajnych, schola dziecięca licząca 30 osób, trzy Róże Różańcowe: św. Jana Pawła II, św. O. Pio oraz św. Joanny Beretty Molli, duszpasterstwo akademickie zrzeszające kilkunastu studentów i Krąg Biblijny – grupa rozważająca Słowo Boże. O tym, co dzieje się w naszej wspólnocie można dowiedzieć się na stronie internetowej Parafii, oglądając galerię z ciekawych wydarzeń: https://jp2nowyruczaj.pl/galeria/. Jednak głównym i priorytetowym celem wszystkich Parafian jest wybudowanie kościoła, stąd każda złotówka potrzebna jest, aby zrealizować ten plan, a można to uczynić dokonując wpłaty na konto parafialne: 18 2490 0005 0000 4500 4879 2412.